魔石に封じられた魔物・ジュエルガイストを呼び出し、戦わせるというのが本作の戦闘システムです。

戦闘パートは、通常のADVパート進行中など、話の展開などにより突入することがあり、場合によって、召喚師（ジュエルマスター）同士との戦闘とジュエルガイストの群れとの戦闘に分かれます。

敵・味方それぞれに3×3のフィールドが用意されており、そこに手持ちのモンスター（ジュエルガイスト）を召喚して戦わせる事になりますが、ジュエルガイストのサイズや戦闘能力には個体差があるので、フィールドとジュエルガイストの特性を生かし、戦略を立ててください。